Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas dengan tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga SD. Namun, cinta terhadap Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada mendapatkan pendidikan di universitas Amerika terkemuka, meskipun dia memiliki prestasi tinggi di sekolah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh dinas intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Terutama, saat itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
